此時期為明末年，而萬曆是明朝由盛轉衰的轉折期[參⁠ 4]。神宗前期任用张居正，推行萬曆新政，社会风尚呈现出活泼开放的新鲜气息，史称万历中兴[參⁠ 5]。后经过万历三大征平定内忧外患，粉碎日本丰臣秀吉藉由渡海攻占朝鮮进而入明的計劃，然而因為國本之爭，皇帝逐渐疏于朝政，史稱萬曆怠政，同时東林黨爭也带来了政治混乱，光宗不久因红丸案暴毙，熹宗继承改元天啟，天启年间魏忠贤阉党祸乱朝纲，至崇祯帝即位後铲除阉党，但閹黨倒臺後，黨爭又起，政治腐敗以及连年天灾[註⁠ 1][註⁠ 2]，导致国力衰退，最终爆发大规模民变。崇祯年间爆发“明末大鼠疫”，並传入北京城。1644年4月25日（農曆三月十九），李自成率領的大順军攻破北京，崇祯帝自缢於煤山，是為甲申之變。隨後吴三桂倒戈相向，满族建立的清朝入主中原。

張居正變法

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主条目：萬曆中興

万历年间推行改革的内阁首辅張居正。

隆慶六年（1572年），穆宗皇帝因中風突然駕崩，年僅九歲的皇太子朱翊鈞繼位，改元萬曆，就是明神宗，史称万历皇帝[88]。由於神宗年幼，於是由太后攝政。重臣高拱由於與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官，相反張居正得到馮保的鼎力支持。張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出了「尊主權，課吏職，信賞罰，一號令」，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔[100] [101]。洪武二十六年（1393年），全國耕種田地有三百六十六萬零七千七頃。到了弘治十五年（1502年）也只上升到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬曆九年（1581年）經過張居正的治理後達到七百零一萬三千九百七十六頃[102] 。

軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，以名將戚繼光守衛北京的重鎮薊州、以遼東李成梁安撫東北女真、以宣大王崇古、方逢時安撫韃靼，其他重臣如四川的劉顯、兩廣的殷正茂、凌雲翼、浙江的張佳胤，張居正也十分信任他們[76]。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴懲貪官污吏，裁汰冗員，但他自己本身也貪污受賄[103]。張居正整頓朝正，改革體制，史稱萬曆中興[88]。

萬曆五年(1577年)年秋，張居正父親去世，按常理他需要丁憂（解職回鄉守孝三年），但張居正以為改革事業未竟，不願丁憂。他的政敵借此大做文章，此即為奪情之爭。最後在神宗和兩太后的力挺下張居正被奪情起復（免於在家守孝），使得其改革並未被中斷。但是，這成為了他的政敵之借口。同時，張居正利用自己的職權讓自己的兒子順利通過科舉進入翰林院。張居正死後立刻被反對改革的政敵清算。張府一些來不及退出的人被囚禁於內，餓死十餘口。生前官爵也被剝奪[88]。

萬曆时期

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主条目：萬曆怠政、萬曆三大征、東林黨爭和國本之爭

万历年间两京十三省

張居正死後初期，神宗尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。在国本之争后，更是采取消极态度怠政。明神宗在位期間對內有東林黨爭、國本之爭與萬曆怠政等嚴重事件；對外則有万历三大征與後金崛起等大型戰役。萬曆一朝成為明朝由盛轉衰的轉折期[10] 。

國本之爭是贯穿于明神宗中期至晚期的重大政治事件。主要是圍繞著皇長子朱常洛與福王朱常洵（鄭貴妃所生）。神宗遲遲不立太子[104]，令群臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個派別。直到萬曆二十九年（1601年），朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩[105]。

明神宗於國本之爭對大臣極度不滿，於萬曆十五年1587年開始以不上朝作為報復，僅處理一些重要事件[106]。萬曆十五年（1587年）後，神宗就開始連續不上朝。萬曆十七年（1589年）元旦後，神宗以日食為由免去元旦朝賀，此後每年的元旦神宗再也不視朝。自萬曆十六年（1588年）後，早朝也經常看不到神宗。神宗整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中，每年還進行選美[107]。

同時，神宗還好營建，經常大興土木。在他二十一歲時就開始籌建陵園。萬曆十七年（1589年），大理寺左評事上疏，稱神宗沉湎於酒、色、財、氣。結果被貶為民。明神宗中後期财政困难[108]，因此明神宗派太監為天下礦監和稅監以充實內庫，然而矿监税使大多假借名義搜刮民間財產，擾亂天下，同時由於深受神宗信任的遼東總兵李成梁後期的腐化墮落大肆謊報軍情，騙取軍功封賞，在軍事打擊目標上偏袒努爾哈赤所部，導致明朝末年邊患嚴重，并最終導致滿清入主中國。由於神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。萬曆三十年（1602年），南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名[109]。神宗委頓於上，百官黨爭於下，明廷完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、崑黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。因此明史言：「論者謂：明之亡，實亡於神宗。[110][111]」部分史學家認為明朝自此开始走向滅亡[112]。

神宗在位期間的東林黨爭也是嚴重敗壞朝綱的事件。由於朝政混亂，部分中下階官吏在政治上受到排斥，紛紛要求政治改革，並強調道德標準。万历二十一年（1593年）癸巳京察促成東林黨的形成，其名稱源自顧憲成創辦的東林書院。主持京察的孫鑨、李世達和趙南星，利用京察將不符他们標準和不属于东林党的官吏降職解雇。經過多次京察後，引起眾多反對黨如宣黨、崑黨、齊黨、浙黨等興起並與東林黨互相傾軋。自此門戶之禍堅固而不可拔，圖使朝政空轉內耗[113]。明熹宗時閹黨專權，東林黨受到嚴重打擊，直到明思宗初期才重新被啟用[105]。

在對外軍事方面，以萬曆三大征最為顯著，分別為平定蒙古哱拜叛變的寧夏之役、抗擊日本豐臣政權入侵朝鮮王朝的朝鮮之役，以及平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役，這三場戰爭幾乎同時發生，其性質均不相同。明朝於三戰皆勝以鞏固明朝邊疆、守護朝鮮王朝，但也消耗大量人力物力，成為國庫空虛、財政拮据的重要原因之一[114][115]。粗略統計出這八年間國家的軍事開支高達一千一百六十餘萬兩白銀。万历四十五年（1617年）後金努爾哈赤以「七大恨」為由反明，兩年後在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝至此對後金改以防禦為主的策略[105]。

明末三大案

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主条目：明末三案

经历梃击案和红丸案的明光宗

「明末三大案」指明朝末期宮廷中發生的梃擊案、紅丸案、移宮案的總稱。這三宗事件本身並不是很重要，但是卻標誌著明末紛亂和衰亡的開始，故有「三大案」之稱。明末三案萬曆晚期國本之爭的延續，使得明廷的政治鬥爭更加劇烈，也是標誌著明末衰亡的開始[116]。

梃擊案

主条目：梃擊案

梃擊案發生於萬曆四十三年（1615年）五月初四。一位名叫張差的男子手持木棍闖入皇太子朱常洛居住的慈慶宮並打傷守門宦官李鑒，後被捕。後經審問，顯示鄭貴妃與此案有關。由於當時審案人員都是浙江籍人士，而當時的浙黨領袖方從哲與鄭貴妃關係良好，因此頗受人質疑。結果當時的陝西籍刑部主事秘密審訊了張差，結果招出鄭貴妃與此確有關係。鄭貴妃見東窗事發，哀求皇太子。皇太子也請求万历皇帝快速了結，加之万历帝寵信鄭貴妃，除了張差被處決外，此案不了了之，一些主張繼續追查的官員事後都受了輕重不等的處分[117]。

紅丸案

主条目：紅丸案

光宗朱常洛在還是太子之時，就寵愛兩名李氏選侍，分別為「東李」和「西李」。其中西李最為得寵。鄭貴妃與西李暗中交結，鄭貴妃向光宗提請西李為皇后，西李提請鄭貴妃為皇太后，後因大臣反對而作罷。光宗因過度縱慾，即位五天後就得了腹瀉之疾。光宗服用了一位與鄭貴妃關係密切的太監崔文升所進的藥物，結果病情加劇。西李以侍奉為由入住光宗寢殿。八月二十九日，鴻臚寺丞李可灼獻上一顆紅丸，光宗服後獲得暫時的舒適。黃昏後再食一顆，到半夜去世。此即為紅丸案。結果，朝中謠言遍起。李可灼被罰回鄉養病。更有大量彈劾奏章要求罷免方從哲。天啟二年（1622年）四月，朝中又發生了對於紅丸案的爭論。最後方從哲仍然沒有判罪，而崔文升被貶放南京[118]。

移宮案

主条目：移宮案

光宗去世後，西李據守乾清宮，與心腹太監魏忠賢要挾皇太子朱由校。李氏還要求官員要先將奏章給她看，再給朱由校看，導致強烈反彈。群臣也因此聯合要求西李移宮。在群臣催促下，西李不得不移出乾清宮[119][120]。後朱由校即位，年號天啟，是為熹宗。結果四年後，熹宗又封西李為康妃，次年更頒布《三朝要典》，顛倒三大案的黑白[121]。

泰昌时期

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主条目：明光宗

萬曆四十八年（1620年），明神宗去世[122]。其長子朱常洛登基是為明光宗，年號泰昌，光宗僅在位一個月，他在登基前的七月二十二日及二十四日，倆次發內帑共計一百六十萬兩，賞賜在遼東前線明軍並重用名將熊廷弼對抗後金的崛起，緩解薩爾滸之役後前線的困境。光宗也相繼重用東林黨人使朝政轉危為安，並且罷除天下礦監稅使[116]。鄭貴妃為了攏絡明光宗，他進獻八位美女。光宗在十多年不得其父寵愛下登位，心理压抑于是一口氣收下了八位美女。由於縱慾過度不久病倒，太監崔文升進以瀉藥，連瀉三四十次；八月二十九日，又因服用李可灼的紅丸，九月一日五更時猝死，時年39歲。

天启时期

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主条目：明熹宗、閹黨、魏忠賢、東林黨爭、王恭廠大爆炸和寧遠大捷

熹宗由於幼年喪母，對乳母客氏有特殊感情。客氏與宦官魏忠賢狼狽為奸。魏忠賢因為在一次賭博中輸錢而自宮，改名為李進忠，入宮為宦官。後皇帝賜他恢復原姓，並恢復舊名忠賢。魏忠賢善於逢迎拍馬，加上與客氏互相勾結，一路快速陞遷，還成為秉筆太監。

熹宗即位早期大量啟用東林黨人，結果導致東林黨與其它黨鬥爭不斷，熹宗因此對朝政失去耐心，魏忠賢借此機會干預政治，將反對東林黨的勢力集結，號為閹黨。天啟四年（1624年）後，閹黨控制了內閣[123]。自此之後魏忠賢更加張狂，其爪牙遍佈中央與地方。在其權勢最盛時，其養子竟能代替皇帝祭太廟。全國遍佈他的生祠，並號為九千歲後又稱九千九百歲[124]。更有閹黨的國子監生提出魏忠賢配孔子，魏忠賢父配啟聖公[125] 。魏忠賢並大肆打擊東林黨，借「梃擊、紅丸、移宮」三案為由，唆使其黨羽偽造《東林黨點將錄》[126]上報朝廷，天啟五年（1625年），熹宗下詔，燒燬全國書院。大量東林黨人入獄，甚至處死[116]。

天啟六年五月初六（1626年5月30日），北京西南隅的工部王恭廠火藥庫發生王恭廠大爆炸，造成2萬多人死傷[127] 。事發時的明朝正值內外交困、風雨飄搖之際，國家政治腐敗，宦官專權。災難的消息迅速傳遍全國後，朝野震驚，中外駭然，人心惶惶。天啟年間各種天災人禍都比不上王恭廠的破壞程度，故沈國元於《兩朝從信錄》中稱此災變「乃古今未有之變也」[128]。很多大臣認為這場大爆炸是上天對皇帝的警告，紛紛上書，要求熹宗皇帝匡正時弊，重振朝綱。皇帝不得不下了一道罪己詔，表示要痛加省醒，告誡大小臣工「務要竭慮洗心辦事，痛加反省」，希望借此能使大明江山長治久安，萬事消弭，且下旨發府庫萬兩黄金賑災。此事後來亦被御筆太監載入明朝正史。

同年熹宗在西苑遊玩時不慎落水，一年後死去。接替熹宗的是其五弟信王朱由檢，是為思宗，年號崇禎[116]。

崇禎时期

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主条目：明末民變、己巳之變和甲申国难

明思宗即位後，銳意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宮外。時機成熟後，思宗下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知思宗已派錦衣衛來逮捕他，便與黨羽李朝欽一起自縊。思宗將其首級懸於河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也被貶黜或處死[129][130] 。閹黨專權雖然結束，但其後朝中又黨爭不斷，思宗對朝政又開始失望。並加強集權，控制百官，信用宦官[116]。

明思宗在位期間，首先要面臨後金的外患。最初在袁崇煥的經略之下，遼東的形勢已經有所改觀。此後，後金在遼東戰場失利的情況下，改採越過長城，直接偷襲京師的方法攻明。崇禎二年（1629年）皇太極率後金大軍包圍北京城。袁崇煥回兵解圍。崇禎三年（1630年），思宗因袁崇煥不作為與個人能力低下造成時局不堪，誅殺袁崇煥[11]，此後遼東局勢日益惡化。其後皇太極多番遠征蒙古，終於在六年後徹底擊敗林丹汗，取得了傳國玉璽，1636年皇太極在盛京稱帝改國號為大清公開向明朝叫板，並且陸續發起五次經長城入侵明朝直隸、山東等地區，史稱清兵入塞。當時直隸連年災荒疫疾，民不聊生[131]。遼西局勢亦日益惡化，清軍多次與明軍作戰，1640年，清軍攻打錦州，明軍大敗，次年，洪承疇投降。至此，除寧遠外，遼東地區全數陷入滿清的統治下。明朝勢力退縮至山海關[116]。

而国内也因明清小冰期氣候變冷，農業減產，爆发了全國性饑荒[132]。但是朝廷依舊加派「遼餉」，用於增加軍費。民眾苦不堪言。天啟七年（1627年），陝西澄城饑民暴動，拉開明末民變的序幕。此後民變風起雲湧，逐步集合到王嘉胤旗下，轉戰於陝晉邊區[133]。崇禎四年（1631年），王嘉胤遇害，後王自用、高迎祥、李自成、張獻忠等農民起義作亂。1636年，高迎祥戰死，李自成接替高迎祥成為新闖王。1641年，李自成攻陷洛陽，殺死福王朱常洵，繳獲大批糧餉。1643年十月年李自成攻破潼關，十一月佔領西安，擊潰總督孫傳庭於關中，傳庭阵亡，明朝北方最後的主力被消滅。此外，另一支張獻忠領導的義軍主要在南方發展，先是控制了湖廣地區，之後又改進攻四川，是為大西政權。但是，兩支農民義軍沒有合作，而是競爭的關係[116]。

崇禎十七年1644年正月李自成在西安市宣佈建國，國號大順，年號永昌。是年華北氣候嚴寒缺煤，李自成部得以迅速擴充攻城掠地，三月，李自成大順軍攻陷大同、宣府、居庸關，十七日已兵臨北京城下。十八日，大順軍攻克北京外城，宦官開城門迎李自成，致山海關守將吳三桂帥領五萬關寧鐵騎回救北京不及。次日凌晨，明思宗在明都北京煤山自縊[13][134]，明思宗死後，自杀官員有户部尚书倪元璐、工部尚书范景文、左都御史李邦华、左副都御史施邦曜、大理寺卿凌义渠、太常寺卿吳麟徵、左中允刘理顺、刑部右侍郎孟兆祥等，驸马都尉巩永固全家自殺，太监自杀者以百计，战死在千人以上。宫女自杀者三百余人。绅生生员等七百多家举家自杀[135]。次年明思宗堂兄弟福王朱由崧在南京登基延續明廷半壁江山，是為弘光帝。

李自成攻克北京後，縱容部將在京城內不惜重刑相逼大肆搜刮明官遂失民心[136][137]，又沒有及時應對駐守山海關明將吳三桂，結果吳三桂引清兵入關。四月二十一日，李自成親率部隊攻吳三桂，失敗。四月二十九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚燒宮殿與九門城樓，向西撤退。大順軍僅在北京駐紮四十一日。之後，大順軍與清軍交戰時也連連失敗[116]。

五月初二，清攝政王多爾袞進京。為安撫漢人籠絡民心，多爾袞下令禮葬明思宗，臣民服喪三日。十月，順治帝進北京。北京開始成為清朝的都城。